由于扫描仪的静电特性，灰尘、污物容易吸附堆积，使光学器件、传动器件的功能受到影响。若内部机械部件长期受到磨损，扫描仪会发生扫描声响大、图像错位和图像模糊等问题，因此扫描仪的清洁维护是扫描仪保养至关重要的步骤。扫描仪的清洁维护工作主要是对扫描的镜头组件、机械部件进行清洁、维护，以达到保证扫描仪扫描质量、延长扫描仪寿命的目的。
首先检查扫描仪的锁紧装置是否已锁上。清洁工作必须在锁紧装置处于锁上的状态下进行。
拿一块软布把扫描仪的外壳（不包括玻璃平板）擦拭一遍，除去表面的浮灰，不要用水擦拭，避免将外壳弄得更花。然后再用一块湿布细擦，注意布不要太湿。在一些积垢很厚的地方，可以沾一些清洁剂擦拭。
接下来将扫描仪上罩取下，一般旋开引脚处的螺丝即可取下上罩。检查并清洁上罩玻璃板上的灰尘，特别是基准白处，应仔细清除干净，否则扫描图像会出现竖线条。
打开扫描仪的外壳后，如果发现里面的灰尘比较厚，可以用吹气球自内往外吹气。若有小型吸尘器，除尘效果会更好。
除尘完毕后，在扫描仪的光学组件中找到发光管、反光镜，把脱脂棉用蒸馏水或专用清洁剂弄湿，干湿程度以挤压后不出水为宜。然后在发光管和反光镜上擦拭。注意一定要轻，不要按压改变光学配件的位置或划伤镜条和透镜。
如果发现扫描仪在使用过程中有噪音出现，可能是滑动杆缺油或是积垢了。先打开锁紧装置，将滑杆螺丝拧开，并将镜头组件与皮带分开，抽出滑杆，用纸巾清洁滑杆、镜组上的滑杆套环、齿轮组，清洁完毕后重新组装，并在滑杆和齿轮组上涂少许润滑油，来回拖动滑几下，擦掉多余的润滑油，调整皮带的松紧。噪声问题就可以基本解决。
仪器内部全部清洁完毕后把上罩装好，再用一块干净的布把扫描仪重新擦拭一遍，接上电源试一下，观察扫描仪工作是否正常。
